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FondaMental Online

Le portail eFondaMental

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Introduction

L’objectif du Portail FondaMental est d’être la porte d’entrée pour tous les médecins et équipes médical du réseaux des Centres Experts. Que ce soit pour suivre un patient ou une inclusion dans une étude clinique.

Portail FondaMental

Trois sections principales:

  • Patient : un patient peut être créer par un médecin ou l’équipe médicale.
  • Medecins : un médecin est créer par l’équipe Admin à FondaMental
  • Centres : un centre expert, ou d’inclusion d’une étude clinique est crée par l’équie Admin à Fondamental.

Technical details

v0.1

  • Trials
    • EMMA
    • French Minds

v0.2

To do

  • Devops to plan with LecPac

Components:

  • Twilio: SMS 2FA

Sign in & Sign up

The sign up, or “Créer un compte”, can be done freely by anyone.
The following roles are available upon account creation:

  • Patient
  • Practioner
    • Psychiatre
    • Psychologue
    • Infirmier/ère
    • Care Coordinator
  • ARC
  • Superadmin: no sign up flow needed

-> add a CAPTCHA on account creation

For the patient, we ask similar information as currently: Nom, prénom, e-mail, birth date, Gender, phone number, SSN
For Patient, passwordless option is preferable: on password is sent by e-mail or SMS for longging in.

For the Doctor, Infirmier, Psychologue and ARC, we ask the following information: nom, prénom, e-mail, gender, phone number, organisation (from list of organisations, other if not found).
For Practioner, ARC and Admins we need 2FA : password + code sent to e-mail or SMS.

Questionnaires

  • Questionnaire “nu”
  • Score du questionnaire
    • Create documentation on how to create a questionnaire with items (with complex contraints) + Scores : take examples
  • Create: types or categories of questionnaires

Clinical trial

  • Clinical trials

    • Assigne trial to one or more Organisations

  • Create .yml template to create a new Clinical trial

    • No UI needed.
    • Done in backend with .ymlcreation.
    • A trial is defined following French Minds organisation: Visits, categories, questionnaire

  • Trials:

    • EMMA: done
    • French Minds: done
    • eAsperger: start-august
    • eBipolar: mid-july
    • eCEDR: mid-july
    • eSchizo: start-august

Practionner

  • Create patient

    • If patient exists already, then do a scenario: a completer
    • Practioner can create a patient.
    • Affiliate one or more organisation to the patient. Portail FondaMental
    • Fondacode: @seif donner l’algorithm

  • The patient receives an e-mail for account creation.

  • Have an overview on Patient’s Medical records, agostic from clinical trial Portail FondaMental

    • Graphics: spécifier les métriques de manière précisse
    • Onglets:
      • Traitements: @Marion
      • Biologie: avoir un onglet spécifique - @Marion
      • Questionnaire: Auto-Q, hétéro-Q, Social, Document clinique : @MC

  • Add patient to a Clinical Trial:

    • One patient can belong to multiple trials
    • Follow progress of a clinical trial Portail FondaMental

  • Drugs: create terminology list of drugs in France

Patient

  • Can answer assigned questionnaires: Web

Admin FondaMental

  • Management
    • Create Organizations, as it is today is fine: Admin manage
    • Can create a practionner, the practioner receives e-mail with sign up process
    • Add Practionners to organisations: one practioner can be in more than one organisation.
      A practioner can have access to all patients in the organisation
    • Add patient to organisations: one patient can in in more than one organisation
    • Clinical trial: a clinical trial can be in more than on organization
    • ARC: can read only all patients in a trial
    • Admin have acces to anonyme data

v0.3

Questionnaires

  • Neuropsy tests

  • ARC (or CRA (Clinical Research Associate))

    • Read-only a given clinical trial
    • Possibility to have 2 buttons to “Valid”-ate or “Not valid”-ate + add comment item-per-item

  • Referral

    • Anyone (no account needed) can recommend a patient
      • Info about referring practionner: name, email, etc.
      • Info about refered patient
      • Select Expert Center (Organization) to send patient to (City)
      • Questionnaire to assess patient

  • Report genration

    • Generate a normalized report

  • Data Migration

  • Trials:

    • EMMA
    • French Minds
    • eSchizo
    • eAsperger
    • eCEDR
    • eBipolar
    • BAE
    • LENA

Infos pratiques

Version de développement:

  • Créer un médecin avec le compte administrateur, l’associer a une organisation ou en créer un nouvelle.
  • Se connecter avec le compte médecin crée. Puis créer un patient.
  • Ajouter le patient a une ou des études cliniques

To do

  • Faire un plan de dev pour le Portail FondaMental
  • Doc pour travailler en local
  • Déployer avec LecPac un version en dev: dev.portail.fondamental.online
    • Aidbox
    • fondamental_emr

Architecture

Portail FondaMental

Matrice de flux efondamental Backend et Frontend

Service sourceService ciblePort sourcePort cibleProtocoleDescription
UtilisateurNginx44380/443HTTPSL’utilisateur accède a l’app web via Nginx (avec SSL)
Nginxemr-web4435000HTTPRedirection des requêtes vers le frontend
emr-webefondamental-backend50008081HTTPRequêtes frontend vers le backend
emr-webaidbox50008080HTTPSRequêtes frontend vers Aidbox
efondamental-backendaidbox80818080HTTPRequêtes et migrations seed vers aidbox
FHIR SDCaidbox80808080HTTPCapture structurée de données via des formulaires au format FHIR
FHIR SDCFHIR-path80808090HTTPManipulation des données FHIR
efondamental-data-warehouseminio80819000HTTPSStockage et récupération de fichiers
efondamental-data-warehousedatasequence-db80815432PostgreSQLConnexion à TimescaleDB pour les opérations de data warehouse
frenchminds-task-queuedatasequence-db80815432PostgreSQLFile de tâches basé sur PostgreSQL
efondamental-backendTwilio API8081443HTTPSEnvoi de SMS via l’API Twilio
aidboxaidbox-db80805432PostgreSQLConnexion entre aidbox et sa base de données
frenchminds-task-queue-migrationsdatasequence-db80815432PostgreSQLMigration du schéma avec procrastinate
efondamental-data-warehouse-migrationsdatasequence-db80815432PostgreSQLMigration du schéma pour le data warehouse
NginxCertbot44380HTTPRenouvellement des certificats SSL

Variables d’environnement pour un deploiement

Postgres pour Aidbox

  • POSTGRES_USER : user (default: postgres)
  • POSTGRES_PASSWORD : password
  • POSTGRES_DB : name db (default: postgres)

Aidbox

  • AIDBOX_LICENSE : licence Aidbox
  • AIDBOX_ADMIN_PASSWORD : password admin Aidbox
  • PGUSER : POSTGRES_USER
  • PGPASSWORD : POSTGRES_PASSWORD
  • FRENCHMINDS_SUBSCRIPTION_WEBHOOK : http://efondamental-data-warehouse:8080/v1/subscriptions/notify (efondamental-data-warehouse est le nom du service)
  • FRENCHMINDS_SUBSCRIPTION_WEBHOOK_AUTHORIZATION : jeton d’autorisation username and password (peut etre random)
  • EFONDAMENTAL_BACKEND_2FA_WEBHOOK : http://aidbox:8080/webhook/two-factor-confirmation (aidbox est le nom du service)
  • EFONDAMENTAL_BACKEND_2FA_WEBHOOK_AUTHORIZATION : jeton d’autorisation username:two-factor-webhook and password: EFONDAMENTAL_BACKEND_2FA_WEBHOOK_SECRET
  • EFONDAMENTAL_BACKEND_2FA_WEBHOOK_SECRET : secret_password
  • EMAIL_PROVIDER : postmark
  • EMAIL_FROM : email d’expediteur
  • POSTMARK_API_KEY : clé d’api postmark

eFondamental Backend

  • APP_INIT_CLIENT_ID : fondamental_aidbox_app
  • APP_INIT_CLIENT_SECRET : secret
  • APP_INIT_URL : http://aidbox:8080 (aidbox est le nom du service)
  • APP_ID : efondamental-backend
  • APP_SECRET : secret
  • APP_URL : http://efondamental-backend:8081 (efondamental-backend est le nom du service)
  • APP_PORT : 8081
  • AIO_PORT : 8081
  • AIO_HOST : 0.0.0.0
  • TWILIO_ACCOUNT_SID : TWILIO_ACCOUNT_SID
  • TWILIO_PHONE : TWILIO_PHONE
  • TWILIO_AUTH_TOKEN : TWILIO_AUTH_TOKEN
  • FRONTEND_URL : url du frontend (https://emr.frenchminds.beda.software)

Datasequence DB

  • POSTGRES_PASSWORD : TIMESCALEDB_POSTGRES_PASSWORD

Minio

  • MINIO_ROOT_USER : MINIO_ROOT_USER
  • MINIO_ROOT_PASSWORD : MINIO_ROOT_PASSWORD

eFondamental Data Warehouse Migrations

  • TIMESCALEDB_SERVICE_NAME : datasequence-db (nom du service)
  • PGPASSWORD : POSTGRES_PASSWORD (datasequence db service)

eFondamental Task Queue Migrations

  • TIMESCALEDB_SERVICE_NAME : datasequence-db (nom du service)
  • PGPASSWORD : POSTGRES_PASSWORD (datasequence db service)
  • FRENCHMINDS_FCM_SERVICE_ACCOUNT_FILE_PATH : path to the Firebase service account certificate

eFondamental Data Warehouse

  • TIMESCALEDB_SERVICE_NAME : datasequence-db (nom du service)
  • PGPASSWORD : POSTGRES_PASSWORD (datasequence db service)
  • STORAGE_SERVICE_PUBLIC_URL : uploads.frenchminds.beda.software
  • STORAGE_ACCESS_KEY_ID : MINIO_ROOT_USER
  • STORAGE_ACCESS_KEY_SECRET : MINIO_ROOT_PASSWORD
  • FRENCHMINDS_SUBSCRIPTION_WEBHOOK_AUTHORIZATION : FRENCHMINDS_SUBSCRIPTION_WEBHOOK_AUTHORIZATION du service aidbox
  • EMR_WEB_URL : url front end (https://emr.frenchminds.beda.software)
  • EMR_AIDBOX_URL : url aidbox (https://aidbox.frenchminds.beda.software)

FHIR SDC

  • FHIRPATH_MAPPING_SERVICE : http://fhirpath_mapping:8090/parse-template (fhirpath_mapping est le nom du service)

NGINX

  • CERTBOT_EMAIL : email pour Certbot (SSL)

Configuration à vérifier pour le déploiement (répertoire deploy_config)

1. Certificat Firebase :

  • S’assurer qu un certificat firebase fondamental-app-firebase.json est présent dans ./gcloud.

2. Configuration du frontend:

  • Modifiez les URLs dans le fichier contrib/emr-config/config.local.js pour le déploiement local ou contrib/emr-config/config.production.js pour la production afin qu’elles pointent vers les services backend déployés.
  • Copiez ensuite le fichier de configuration dans contrib/emr-config/config.js.